El Directorio es el órgano encargado de liderar y orientar la gestión de la Corporación. Está integrado por cinco representantes de las Empresas Portuarias de Chile, quienes desempeñan los cargos de presidente, vicepresidente, segundo vicepresidente, secretario y tesorero. Sus integrantes ejercen sus funciones por un período de un año y pueden ser reelegidos de acuerdo con lo establecido en los Estatutos.

Su principal misión es velar por el desarrollo y fortalecimiento de la Corporación, administrando responsablemente sus recursos y asegurando el cumplimiento de sus objetivos estratégicos. Asimismo, le corresponde aprobar proyectos, programas e iniciativas que contribuyan al crecimiento de la organización y al desarrollo de la industria de cruceros en Chile.

Además, el Directorio supervisa la correcta aplicación de los acuerdos adoptados por la Asamblea General, el cumplimiento de la normativa vigente y la implementación de las políticas y reglamentos necesarios para garantizar una gestión eficiente, transparente y alineada con los propósitos institucionales.